Iseljavanjem bošnjačkog stanovništva sa prostora Nikšića, Kolašina, Žabljaka, Spuža, Zete, Podgorice, Bara, Mrkojevića, Zabojane i Krajine, koji su pripali Crnoj Gori, nakon Velikog ustanka (Hercegovački ustanak) broj ove populacije se sa 43 000 smanjio na oko 12 000. Pravac iseljavanja je uglavnom išao prema Sandžaku ali i prema Albaniji.
Prema kazivanju J. Cvijića Nikšić je bio najsilniji “muhamedanski varoš” na Balkanu. Jezgro stanovništva su činile muslimanske porodice iz Herceg Novog, iz Boke krajem XVII stoljeća. Bošnjaci su tu živjeli veoma lagodnim životom i bavili su se gospodarstvom. Od 1859. godine, kada je Crna Gora zauzela Grahovo, Rudine, Lukovo, Župu i dio Drobnjaka, Nikšić je ostao opkoljen sa svih strana i samo je preko klanca Duge održavao veze sa ostatkom Osmanskog carstva. Od 1875. godine ovaj grad biva opsjednut crnogorskom vojskom i skoro izoliran. Osmanska vojska se po cijenu velikih žrtava nastojala probiti u grad i donijeti neophodnu hranu i resurse za stanovništvo u gradu. U aprilu 1876. u Nikšić se uspio probiti jedan osmanski odred sa tri stotine konja natovarenih hranom. Prilikom povratka sa ovim odredom se povuklo i oko 200 porodica.
U Nikšiću je do 1877. godine bilo 410 bošnjačkih i 40 pravoslavnih porodica. Presudna Bitka za Nikšić je trajala od 9. jula do 27. avgusta 1877. godine. Grad je više od mjesec dana pod opsadom držalo 15 crnogorskih i hercegovačkih bataljona jačine oko 16 000 vojnika, dok je odbranu grada činilo 1 000 osmanskih vojnika i 300 građana. Crnogorski knez Nikola je svoje vojnike hrabrio riječima da će im dati priliku “da se napiju nikšićke krvi i osvete se za svo zlo koje je Crnoj Gori učinjeno”. Crnogorci su artiljerijom razarali grad pa je u samo jednom avgustovskom danu stradalo između 30 i 40 bošnjačkih kuća. Uslijed nedostatka hrane i municije pad je bio neizbježan. I pored teških riječi, knez Nikola je padom grada pohvalio branioce za hrabrost, te im je dopustio da se povuku sa oružjem. Međutim, crnogorska vojska je grad potpuno opljačkala i opustošila. Arthur Evans, koji je bio svjedok dešavanja, zapisao je da je u septembru 1877. godine dnevno i po 60 Bošnjaka odlazilo iz Nikšića. U gradu je ostalo nepokretno stanovništvo i ranjenici, za koje je crnogorska vlast garantovala da im se neće ništa desiti. Onaj mali broj stanovnika koji je ostao vjerovao je da će im nova vlast biti naklonjena ukoliko iskažu lojalnost.
Međutim, već sa prvim danima vlasti su zahtijevale od Bošnjaka da počnu nositi crnogorske kape sa krstovima. Bošnjaci su na takve zahtjeve gledali kao na čin pokrštavanja. Prema zvaničnim crnogorskim izvorima hodže su zabranjivale ulazak u džamiju onim licima koja na to pristanu. Do polovine aprila 1878. godine iz Nikšića su se iselile 283 porodice, a do 1882. godine još 319. U gradu je ostalo samo 19 bošnjačkih porodica. Ovim činom Nikšić je izložen urbanističkim promjenama. Srušena je Pašina džamija te mnogi objekti islamske i istočnjačke arhitekture. Brojne porodice i ličnosti, poput Hadži Loje, koje su se naselile u Bosni i Hercegovini uzeti će ulogu u pružanju otpora austrougarskoj vojsci 1878. godine prilikom okupacije. Progonom Bošnjaka iz Nikšića, naseljavaju se brojne pravoslavne porodice koje dobijaju bivšu bošnjačku zemlju i kuće na poklon.
Odlukom Berlinskog kongresa Kolašin je pripao Crnoj Gori, pa se osmanska vojska morala povući. Sa njom se povuklo i bošnjačko stanovništvo, dok su neke porodice ostale u Gornjem Bihoru. Tada je rijeka Tara postala granica Crne Gore i Osmanskog carstva. Iako se Crna Gora odlukama Berlinskog kongresa obavezala da će poštovati prava muslimana, to se nije desilo. N. Rakočević navodi da je interes crnogorske vlade bio da se Bošnjaci i ostali muslimani isele, kako bi se na njihove posjede naselile porodice iz Rovaca i Morače. Krajem 1878. godine život je u Kolašinu postao težak za Bošnjake pa su se oni počeli iseljavati. Već krajem septembra naredne godine iselilo se gotovo svo bošnjačko stanovništvo. Iseljenici se nisu lahko pomirili sa činjenicom da je Kolašin pripao Crnog Gori, pa su često prelazili rijeku Taru i vršili upade i pljačke.
Bilo je slučajeva i kada se bošnjačko stanovništvo željelo vratiti u Crnu Goru. Naime, nakon pada Bara u crnogorske ruke 10. januara 1878. godine Bošnjaci su se sklonili u Skadar. Kada je Berlinskim kongresom okončan rat, zatražili su od kneza Nikole da im dopusti da se vrate u Bar, ali im on to nije dopustio. Tada je sultan Abdulhamid II, zbog njihove hraborsti prilikom odbrane Bara, dopustio Bošnjacima da se nasele u Kučuk Čekmedži u Istanbulu te poslao brodove u Skadar po njih. Međutim, Nikola je pod stranim pritiskom morao popustiti, pa se u Bar krajem maja 1879. godine vratilo 198 bošnjačkih porodica.