Složena vojno – politička situacija u Bosni i Hercegovini tokom 1993. godine, a naročito početak sukoba sa Hrvatskim vijećem odbrane, nametnula je potrebu organizacione promjene u Armiji Repubike Bosne i Hercegovine. Predsjedništvo RBiH u ulozi Vrhovne komande Oružanih snaga RBiH 8. juna 1993. godine, između ostalog, donosi odluku: uspostavlja se funkcija komandanta Glavnog štaba OSRBiH, formira se 6. korpus ARBiH, uvode se činovi u ARBiH. Ovom odlukom učinjen je pravi potez: uspostavljena je funkcija komandanta GŠ i na čelo ARBiH doveden je Rasim Delić, stručan i lojalan čovjek glavnom rukovodstvu na čelu sa Alijom Izetbegovićem, umjesto dotadašnjeg Sefera Halilovića. Od tada je profunkcionisao sistem rukovođenja i komandovanja u ARBiH i u Oružanim snagama u cjelini.
Istom odlukom Predsjedništvo je 8. juna 1993. godine naredilo formiranje 6. korpusa ARBiH sa sjedištem u Konjicu. Odluka o formiranju 6. korpusa je posljedica neposrednih borbenih dejstavana na prostoru od Grepka preko Trnova, Igmana, Pazarića, Tarčina, Konjica, Jablanice pa sve do Drežnice. Naime, u proljeće 1993. godine Vojska Republike Srpske, HVO i Hrvatska vojska pokreću istovremeno borbena dejstva protiv ARBiH u cilju konačnog sloma. Težište srpske vojske bilo je usmjereno na stavljanje Sarajeva u dvostruki opsadni prsten, odnosno spajanje Foče i Kalinovika, preko Trnova i Igmana, sa snagama u Hadžićima. Plan HVO bio je da se zaokruži teritorija Hrvatske zajednice Herceg Bosne dolinom rijeke Neretve sve do Ivan sedla, te da se potpunim ovladavanjem prostora u srednjoj Bosni, koji je prema planovima hrvatske strane trebao ući u zamišljenu HZHB, kreira tzv. “Put spasa”. Navedeni prostor kontrolisale su snage 1., 3. i 4. korpusa ARBiH. Neprijateljska strana je prilikom početnih napada imala uspjeha, potisnuvši snage ARBiH na više frontova što je za rezultat imalo presijecanje teritorija korpusa. Iz toga razloga, još u aprilu 1993. godine, načelnik Štaba Vrhovne Komande, Sefer Halilović, donosi Odluku i daje ovlaštenje komandantu Operativne grupe “Igman”, 1. korpusa ARBiH, Salki Gušiću i njegovom zamjeniku Zulfikaru Ališpagi da objedinjuju borbena dejstva svih jedinica od Igmana do Drežnice. Ovakvi potezi NŠVK su se pokazali ispravnim, posebno u uspješnom suprostavljanju snagama HVO-a od Drežnice do Ivan sedla. Ne samo da su spriječeni naumi HVO da ovlada zacrtanim prostorom nego su u žestokom okršaju sa snagama ARBIH doživjeli težak poraz. Pod kontrolu ARBiH stavljena je gotovo u cjelosti teritorija općine Konjic i Jablanica.
Napadom HVO i HV-a na Mostar, Kiseljak, Kreševo i Fojnicu i intenziviranjem borbenih aktivnosti VRS iz pravca Foče, Kalinovika i Hadžića prema prostoru Trnova, Igmana, Hadžića, Konjica, Jablanice, Kiseljaka, Fojnice i Kreševa došlo je do vrlo složene situacije u redovima ARBiH. Vrhovna komanda zbog toga donosi Odluku da se formira 6. korpus sa sjedištem u Konjicu dana 9. juna 1993. godine u kojoj su navedeni i regulisani svi osnovni elementi strukture i organizacije 6. korpusa. Na mjesto prvog komandanta postavljen je Salko Gušić, dotadašnji komandant OG “Igman”. Ipak, pokazat će se da je Odluka o formiranju novog korpusa donesena u veoma nezgodno vrijeme, jer je trebalo kontituisati 6. korpus od dijelova 1., 3. i 4. korpusa i preuzeti određene zone odgovornosti koje su do tada pripadale navedenim korpusima. Problem je naročito nastao u slučaju 3. i 4. korpusa koji je vodio grčevitu borbu sa hrvatskim snagama, a krajem mjeseca juna i sa 1. korpusom jer je srpska strana pokrenula žestoku ofanzivu na Sarajevo. Zbog toga je uslijedilo naređenje o privremenom prekidu aktivnosti na formiranju novog korpusa od strane komandanta GŠ Oružanih snaga ARBiH, Rasima Delića.
Bez obzira na sve teške trenutke, Komanda i jedinice 6. korpusa uspješno su spriječile spajanje snaga VRS iz Hadžića i Kalinovika na Igmanu, a dat je značajan doprinos i u borbama na Treskavici. Poslije zaustavljanja ofanzive VRS i sprječavanje potpune blokade Sarajeva, 6. korpus je u sadejstvu sa 1. korpusom, tokom 1993. i prvih mjeseci 1994. godine potisnuo snage VRS sa Bjelašnice i dijela planine Treskavice i Igmana. Istovremeno je do početka 1994. godine, odnosno Vašingtonskog sporazuma, uspio razbiti snage HVO-a na prostoru općine Konjić. Samo dio snaga HVO uspio je ostati u selima Turija, Zabrđe i Zasivlje, zahvaljujući pomoći VRS. Razbijene su i snage HVO-a na prostoru općine Jablanica, očuvana je dolina rijeke Neretve, a snage HVO-a potisnute su prema Prozoru.
Najveći uspjeh 6. korpusa ARBiH u kratkom periodu postojanja bio je oslobođenje planine Bokševice u julu 1993. godine. Naime, 14. juna 1993. godine kreću borbe i već prvog dana oslobođen je Tisov do i Bandjera, a narednog i kota Pik. Do kraja juna združene jedinice 6. korpusa potisnule su HVO sa kota Rudeži, Gradina i Silj koji je ipak izgubljen u kontranapadu HVO-a. Dana 4. jula 1993. godine HVO uz podršku HV-a kreće u potpuni kontranapad ali doživljava težak poraz. Snage 6. korpusa u novom naletu oslobađaju Kostajnicu, Falanovo brdo, Obre, Buturović polje Bukovicu i ostala sela uz Neretvicu. Do 8. jula jedinice 6. korpusa su stavile pod svoju kontrolu cijeli prostor Neretvice na Budimskoj. U teškim borbama za Bokševicu život je dalo 27 pripadnika 6. korpusa ARBiH.
Korpus je ulogu uzeo i u operacijama “Neretva” i “Jug” u sadejstvu sa 1. i 4. korpusom ARBiH, u cilju spajanja jedinica ARBiH iz Jablanice i Konjica, dolinom rijeke Neretve, sa Mostarom, u čemu nije imao uspjeha. U sadejstvu sa snagama 2. i 3. korpusa, 6. korpus je dao doprinos u oslobođenju Vareša u novembru 1993. godine. Potpisivanjem Vašingtonskog sporazuma i definitivnim okončanjem sukoba sa HVO, 18. marta 1994. godine i definitivno je rasformiran 6. korpus, a Odluka je donesena još 26. februara 1994. godine. Jedinice koje su činile 6. korpus uglavnom su vraćene u sastav 4. korpusa sa sjedištem u Mostaru.